Inicjatywa powstania Poznańskiego Towarzystwa Prehistorycznego zrodziła się w styczniu 1990 r. Nazwą swoją nawiązuje ono do działającego niegdyś w Poznaniu Polskiego Towarzystwa Prehistorycznego (1929-1953). Wbrew nazwie nie jest stowarzyszeniem regionalnym jednak jednoczy osoby związane z poznańskim środowiskiem naukowym, zdobytym tutaj wykształceniem, zainteresowaniem problematyką naukową poruszaną w naszym środowisku, czy też zwykłą sympatią.

Stowarzyszenie zostało zarejestrowane 14 maja 1990 r. a 1 czerwca odbyło się pierwsze zebranie nowo powstałego Towarzystwa, na którym powołano zarząd, oraz wybrano prezesa - dr Lecha Czerniaka.

Celem Towarzystwa są działania na rzecz najszerzej pojętego dobra prahistorii, rozwoju archeologii, ochrony zabytków archeologicznych i upowszechniania wiedzy w tym zakresie. Towarzystwo ściśle współpracuje z Muzeum Archeologicznym w Poznaniu, w ktorym znajduje się jego siedziba, a także z Instytutem Archeologii i Etnologii PAN Oddział w Poznaniu i Instytutem Prahistorii Uniwersytetu im. Adama Mickiewicza w Poznaniu.

Od 1 lipca 1995 r. Towarzystwo prowadzi działalność gospodarczą. Największymi przedsięwzięciami są: udział w badaniach ratowniczych na trasie gazociągu tranzytowego z Rosji do Europy zachodniej oraz planowanej autostrady A2 w woj. poznańskim.